故事是这样的：柯南和小兰等人去北海道旅行，却遇到了海盗抢劫的突发状况，各方势力纷纷登场。 :-)。当列车冲向悬崖，反派即将得逞的关键时刻，所有人都提心吊胆，而新一的推理总能带来反转。喜欢推理迷局和动作场面的观众，绝对能从这场北海道大冒险中找到乐趣。
少年侦探和女警那种青涩又犀利的搭档感，在这部里格外讨喜。
看着少年侦探团在草坪上大笑，那种热乎乎的少年气，真的是把每一个看的人的心都暖化了。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
